Il territorio della frazione si sviluppa sulle pendici del monte Misma, sul lato orografico sinistro della Valle del Lujo, a sua volta tributaria da sinistra della val Seriana. Il nucleo abitativo, caratterizzato completamente da ambiente montano e collinare, si suddivide in numerose contrade che mantengono ancora oggi tracce della propria tradizione rurale.

Nella parte di fondovalle è delimitato dal corso del torrente Lujo, che divide Fiobbio da Vall'Alta, posta sull’opposto versante della valle in direzione Nord-Est. Verso Nord-Ovest il territorio si estende fino alla località Pradella, dove è posta la chiesa della Ss. Trinità, spingendosi fino al corso del fiume Serio, tramite il quale confina con Desenzano al Serio.

Ad Est a suddividere Fiobbio da Abbazia è invece la piccola valle Mismasca, che si sviluppa da Nord a Sud sul Monte Misma. Generalmente si tende inoltre a considerare il limite Sud di Fiobbio con la sommità dello stesso monte che sovrasta la zona, sulla cui vetta convergono anche i territori comunali di Pradalunga e di Cenate Sopra, anche se il confine del comune ottocentesco era dato dal limite delle cascine abitate, mentre il sovrastante bosco era proprietà del Comune Maggiore di Albino.

Il territorio di Fiobbio presenta numerosi itinerari mediante i quali è possibile stare a contatto con la natura. Su tutti la traccia che, posta a sud dell’abitato, sale sul monte Misma raggiungendone la cima dopo aver toccato la località stalle di Cura. Oltre a questa vi sono numerosi altri sentieri minori che si intersecano tra i boschi limitrofi.

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